Con su derrota 1–0 ante Cerro Porteño, en Cartagena, Junior no solo quedó eliminado de la presente edición de la Copa Libertadores, sino que igualó su segunda peor actuación en la fase de grupos de este torneo.

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Jugadas cuatro jornadas, el equipo dirigido por Alfredo Arias solo ha sumado un punto, un registro que iguala la campaña de 2012, donde Junior, bajo el mando de José ‘Cheché’ Hernández, cayó ante Unión Española (2–0) y Bolívar (1–0 y 2–1) y empató con Universidad Católica (2–2), resultados que sentenciaron su eliminación pese a que después, en Barranquilla, derrotó a la Católica (3–0) y Unión Española (2–1).

La peor presentación de Junior en Copa Libertadores sigue siendo la de 2019, edición en la cual perdió sus primeros cuatro partidos en la fase de grupos: Palmeiras, en Barranquilla, (2–0), San Lorenzo (1–0), Melgar (1–0) y Palmeiras, en Sao Paulo (3–0). Luego, en Barranquilla, le ganó a San Lorenzo (1–0) y cayó ante Melgar (1–0). Ese torneo comenzó siendo dirigido por Luis Fernando Suárez, reemplazado después por Julio Comesaña.

En la edición de 2018, Junior quedó eliminado en fase de grupos, pero logró acceder a la Copa Sudamericana, cuya final perdió por penales ante Athletico Paranaense.

El de Arias tiene aún una remota posibilidad de avanzar a la Copa Sudamericana si queda tercero de su grupo. Para ello deberá ganarle a Sporting Cristal, en Cartagena, y a Palmeiras, en Sao Paulo, y esperar que los peruanos también pierdan con Cerro Porteño, en la última fecha.

En las ediciones de 2010, con Diego Umaña, y 2017, con Alberto Gamero, Junior no logró ingresar a la fase de grupos al ser eliminado por Racing de Montevideo y Atlético Tucumán, respectivamente.

En las ediciones de 2020 y 2021 no clasificó a octavos de final, pero avanzó a la Copa Sudamericana.